Z pohľadu západnej vedy zatiaľ neexistujú priame dôkazy, že by čakry ako točiace sa energetické víry fyzicky existovali. Nedokážeme ich zmerať štandardnými lekárskymi prístrojmi ako EKG, CT či MRI. Vedecké chápanie energie sa spolieha na merateľné veličiny – napríklad jouly či watty – a nezahŕňa duchovnú alebo "jemnú" energiu, ktorú opisujú ezoterické smery.
No keď sa pozrieme bližšie na neurobiológiu a psychosomatiku, objavujeme zaujímavé paralely:
Okrem toho si čoraz viac vedcov a terapeutov uvedomuje, že telo si pamätá. Emócie, traumy, napätia – to všetko sa môže "uložiť" do tela, čo vytvára priestor pre prepojenie fyzického a emocionálneho prežívania. V tomto zmysle môže byť práca s čakrami jednou z ciest, ako sa priblížiť k celistvému vnímaniu seba samých.